Жителям Ярославля пришлось вновь взять в руки оружие в 1812 году, во времена нападения наполеоновских войск  на Россию. Почти  11 тысяч ополченцев Ярославской губернии участвовали в боях наряду с регулярной армией, не щадя своих жизней, в результате чего потери ярославского ополчения составили 40%.

После усмирения разгула Смутного времени именно выгодное местоположение Ярославля на пересечении торгового пути,  связывавшего  Россию с Западной Европой, позволило городу быстро восстановиться. Ярославль начинает формироваться как крупный торговый и ремесленный центр. Здесь работают ремесленники более чем  ста специальностей: среди них плотники, каменщики, кузнецы, кожевники и т.д. Экономический подъем XVII века предопределил расцвет культуры и искусства в Ярославле. В городе начинает развиваться храмовое строительство. Уже в середине XVII века каменное зодчество и храмовые росписи Ярославля начинают  отличаться самобытностью. При строительстве уже в то время широко применялись специально изготовленные  фигурные кирпичи, стены храмов украшались полихромными изразцами, богато декорировались. Храмы Ярославля большие по размерам и с мощными пятиглавиями, в них находятся  уникальные росписи. В XVII веке Ярославль превратился в огромную строительную площадку.

В это время в очередной раз перестраиваются стены Спасского монастыря, был построен первый в городе каменный приходской храм Николы Надеина (1620-1622 гг.), в третий раз отстраивается  Успенский собор (1646 г.), который затем непоправимо пострадал при пожаре 1670 года и его опять пришлось отстраивать заново. Строятся новые церкви, которые становятся выдающимися памятниками архитектуры: церковь Рождества Христова (1644 г.), Ильи Пророка (1647-1650 гг.), Иоанна Златоуста (1654 г.), Михаила Архангела (1657-1680), Иоанна Предтечи (1671-1687 гг.), Богоявления (1684—1693), Николы Рубленного (1695) и другие, представляющие Ярославскую школу архитектуры и живописи. XVII век еще называют «золотым веком» ярославского зодчества.

К началу XVIII века по числу жителей Ярославль уступал лишь Москве и продолжал бурно развиваться. Однако развитие города было прервано Петром I, который переориентировал торговые пути на Петербург, поэтому торговые иностранные представительства в Ярославле закрылись.

Законопослушные ярославцы все распоряжения властей во все времена исполняли точно, неукоснительно и основательно. Примером тому является, например,   исполнение указа Петра I о ношении платья нового образца и о бритье бороды. Образец одежды нового покроя повесили на стену проездной (на Углич) Власьевской башни, рядом поставили специальный караул, который штрафовал бояр, не желавших расставаться со своими старыми нарядами. Тем, кто заплатил пошлину, выдавали так называемую «бородовую копейку» - металлический жетон, который  служил квитанцией об оплате права на ношение бороды.

После  утраты городом функции торгового центра ярославские торговые люди стали искать другие возможности получения дохода и вкладывали капиталы в начинающую быстро развиваться промышленность. О ярославцах говорили, что это «народ промышленный, который вам и порося обратит в карася». К концу XVIII века в городе действовало уже почти 70 промышленных предприятий.

В 1777 году Ярославль становится центром наместничества. В Ярославле открывается первая цифирная школа, духовная славяно-латинская семинария, гимназия для дворянских детей, а также  народное училище для детей всех сословий. В 1750 году известный ярославский меценат Федор Григорьевич Волков основал в Ярославле первый в России общедоступный театр. В 1788 году в библиотеке последнего настоятеля Спасского монастыря была найдена древнерусская рукопись «Слово о полку Игореве».

С 1778 года город стал застраиваться согласно регулярному плану, который сегодня считается  самым выдающимся примером градостроительной реформы Екатерины II и примером взаимного культурного и архитектурного влияния Западной Европы и России. Центром города, вокруг которого была сформирована Ильинская площадь, стал храм Ильи Пророка. От нее правильными лучами расходились улицы, каждая из которых в свою очередь заканчивалась церковью или башней. Ильинская площадь плавно переходила в Планпарадную (на ее месте сейчас разбит Демидовский сквер), которая, в свою очередь,  плавно входила в Соборную. Комиссия ЮНЕСКО отметила, что центр Ярославля представляет собой  особый интерес как образец градостроительной политики XVIII века.